（一）对第一类合同，司法实践中一般认定为有效合同，其理由为：1.房屋出卖人是该房屋的所有权人，依法享有对房屋的处分权；2.《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定，农村村民出卖住宅后，再申请宅基地的不予批准，由此可以推定，法律允许出售农村房屋，只是出售房屋后失去重新申请宅基地的权利。3.买受人本身属于该集体经济组织，具备申请宅基地使用权的身份，房屋买卖后，不改变土地的性质和用途，不违背我国法律和政策保护农民集体利益和土地资源的精神。
（二）对第二类合同，司法实践中一般以认定无效为原则，认定有效为例外。
对于认定无效，其理由为1.该合同因违反法律、行政法规的强制性规定而无效；2.虽然法律没有直接规定非同一集体经济组织成员不能购买农村房屋，但此种交易可能损害该农村集体经济组织的利益，不利于农村的稳定发展，与我国的立法精神相违背；3.《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》等政策性文件中，对城镇居民不得购买农村房屋有明确规定；4.《第八次全国法院民事商事审判工作会议（民事部分）纪要》要求“在非试点地区，农民将其宅基地上的房屋出售给本集体经济组织以外的个人，该房屋买卖合同认定为无效”。
对于认定为有效的例外情形，主要包括以下几种类型：1.非本集体经济组织成员购买农村房屋后，将户口迁入该集体经济组织的；2.买卖行为已经过集体经济组织同意，并经有关行政机关批准，例如交易行为由村委会主持或同意、完成不动产权登记变更等；3.房屋买卖时并未产生纠纷，作为非本集体经济组织成员的买受人已经形成较长时间的占有事实，后因拆迁等原因导致出卖人反悔产生纠纷，因出卖人的行为违反诚实信用原则，人民法院不予支持；4.买卖双方均非本集体经济组织成员，出卖人因继承等原因取得农村房屋所有权后又转卖他人的。
对合同效力的判断，必须依照法律规定，目前我国并无相关法律、法规直接规定农村房屋买卖合同的效力，故应当适用一般民事法律行为的无效情形，根据《中华人民共和国民法典》第一百四十四条、一百四十六条、一百五十三条、一百五十四条的规定，造成民事法律行为无效的原因包括：1.违反法律、行政法规的强制性规定，2.违背公序良俗，3.行为人不具有相应的民事行为能力，4.意思表示不真实，5.恶意串通损害他人合法权益。在农村房屋买卖合同纠纷中，只有极少数涉及第2-4项无效事由，故本文不做分析，仅就因违反法律、行政法规的强制性规定而无效一种情形作探讨。
《中华人民共和国民法典》第一百五十三条只规定了民事法律行为的效力，但导致该行为无效的原因仍需引用具体的法律、行政法规，从司法实践中各级人民法院在裁判文书中“本院认为”部分对无效原因的说理来看，基本分为单独引用《中华人民共和土地管理法》和同时引用《中华人民共和国土地管理法》及《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》《国务院办公厅关于严格执行有关农村集体建设用地法律和政策的通知》等规范性文件，以下对各级人民法院引用次数较多的条纹逐一分析：
1.《中华人民共和国土地管理法》第二条第三款：“任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让”。本款规定了我国禁止非法转让土地的原则，但没有明确非法转让的情形，无法直接得出合同无效的结论。
2.《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第一款：“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准”。首先，《中华人民共和国民法典》第一百五十三条第一款规定：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外”，该款体现出一个原则，即强制性规定分为效力性强制规定和管理性强制规定，只有民事法律行为违反了法律、行政法规的效力性强制规定才产生无效的法律后果，而《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第一款只是对宅基地的数量和面积作出限制，并未对效力问题作出明确，所以本条应当作为管理性强制规定适用，故不能作为判断合同效力的依据；其次，全国人民代表大会对《中华人民共和国土地管理法》释义第二部分第五章明确：“《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第一款主要是针对新申请宅基地而言，但因房产继承等合法原因形成的多处住宅（包括宅基地）原则上不作处理，农村村民可以出卖等方式处理，也可以维护原状，但房屋不得翻建，房屋损坏后，多余的宅基地应当退出”，由此可以看出，本款的立法目的在于限制新申请宅基地，而非限制宅基地使用权的流转及地上房屋的买卖，并且该立法解释明确说明，农民可以通过出卖方式处理本人所有的农村房屋。最后，该条第四款规定：“农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准”，由此可以推定，法律亦允许农民出卖农村房屋，只是出卖行为将导致不得重新申请宅基地的法律后果。综上所述，从《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第一款并不能得出农村房屋买卖合同无效的结论。
3.《中华人民共和国土地管理法》（2004修正）第六十三条：“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设；但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外”。本条并非将“出让”“转让”和“出租用于非农业建设”三个概念作并列处理，而是将“出让”“转让”和“出租”三种法律行为做并列，规定不得通过这些方式将农民集体所有的土地用于非农业建设，也就是说本条并非对农村房屋及宅基地使用权流转的限制，而是对土地用途的限制，通过2019年《中华人民共和国土地管理法》修订中将该条“农民集体所有的土地”这一表述删除，转而细化为对集体经营性建设用地的规定可以印证这一观点。
4.《国务院办公厅关于严格执行有关农村集体建设用地法律和政策的通知》第二条第三款规定：“农村住宅用地只能分配给本村村民，城镇居民不得到农村购买宅基地、农民住宅或“小产权房”。单位和个人不得非法租用、占用农民集体所有土地搞房地产开发。农村村民一户只能拥有一处宅基地，其面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准”。首先，该规定属于国务院规范性文件，根据《中华人民共和国民法典》的规定，对民事法律行为效力的判断，只能依照法律或者行政法规，本条不能作为认定合同效力的依据。其次，即便以此作为依据，本条也只对城镇居民购买农村房屋作出了限制，而并未涉及第二类合同中双方分属不同集体经济组织购买农村房屋的情形。
5.《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》第二条第二款规定：“农民的住宅不得向城市居民出售，也不得批准城市居民占用农民集体土地建住宅，有关部门不得为违法建造和购买的住宅发放土地使用证和房产证”。同样的，本条亦属于国务院规范性文件，不能作为判断合同效力的依据，且仍没有对双方分属不同集体经济组织购买农村房屋的情形作出限制。
综合以上分析可以看出，目前我国并没有完全匹配的法律、行政法规指导农村房屋买卖合同的效力认定。