如果不具备股东资格，发生的股权转让协议在法律上是无效的。另外，因各种原因丧失股东资格的人，也不具有股权转让资格，因此，受让方考察出让方股东资格的相关证明尤其重要。
标的股权已设立质押等权利负担。《中华人民共和国物权法》（以下简称《物权法》）第226条对已设立质权的股权转让作出限定，“基金份额、股权出质后，不得转让，但经出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让基金份额、股权所得的价款，应当向质权人提前清偿债务或者提存”。转让方未经质权人同意转让已设立质权的股权，容易引发质权人以股权转让侵害其质权为由主张股权转让无效的诉讼。法院倾向于认为，《物权法》第226条旨在禁止出质人处分已出质的股权，并未禁止出质人先行将质押的股权以合同形式转让，故股权质押原则上不影响股权转让协议的效力。但需要注意的是，标的股权上的权利负担仍会实质上阻碍股权转让协议的履行，质押登记未经撤销，股权变更登记存在障碍，同时，股权转让款支付涉及提存或提前清偿债务，也容易引发相应的风险。
有限责任公司公司章程限制中的法律风险。根据法律规定，法律赋予有限公司高度的意思自治权，有限公司可以通过公司章程限制股权内外部转让，只要该章程不违背相关法律的禁止性规定，法律承认其效力。因此，对于受让方而言，通过公司章程考察对方的出让资格尤为重要。
退股后标的公司性质变化未予以重视，导致协议的履行可能违反法律，进而在效力上产生疑问。有一起案件反映，两个标的公司均只有转让方、受让方两名自然人股东，双方产生矛盾，达成协议，其中一方同时退出两个标的公司。该协议的履行结果将违背《公司法》第58条“一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司”的规定。后转让方以此为由，请求不履行股权转让协议。
第一，发起人转让限制的法律风险；第二，董事、监事、高级管理人员转让限制的法律风险；第三，持有5%股份的股东转让限制的法律风险；第四，上市收购股份转让限制的法律风险；第五，证券机构人员和其他有关人员转让限制的法律风险；第六，证券中介服务机构及其人员转让限制的法律风险。
以股权转让形式实现隐名持股。股权转让协议约定，受让方受让股权后不办理工商变更登记，由转让方代受让方持有标的公司股权。此类股权转让除却了通常意义上作为股权转让方主合同义务的变更登记事项，相应的，将股权代持协议项下的实际股权利益分配、股权归属等内容作为转让方的合同义务，容易引发股权转让合意是否达成，转让方一股二卖等法律风险。
①中国公民个人不能作为中外合资(合作)有限公司的股东；②属于国家禁止或限制设立外资企业的行业的公司股权，禁止或限制向外商转让；③法律、法规、政策规定不得从事营利性活动的主体，不得受让公司股权成为公司股东，例如各级国家机关的领导。
特定经营范围与股权转让。特定行业存在准入与转让的限制，如典当行转让股权，应当经省级商务主管部门批准，未经批准无权申请变更登记。忽略此类规范的限制，有时会导致股权转让行为无效，有时会造成履行障碍，最终影响股权转让的实现。由此，公司经营范围也应引起股权交易双方的注意。
资产转让与股权转让混同。资产转让与股权转让存在以下差异：（1）主体不同，资产转让的主体为公司，股权转让的主体为公司股东；（2）法律效果不同，资产转让为财产权利的移转，而股权转让为标的公司资产负债的整体继受。
所谓或有债务，简言之即或许有的债务，既包括转让方故意隐瞒、受让方也未发现的公司对外债务、隐形诉讼，也包括由公司过去的交易或事项形成的潜在义务，其存在必须通过未来不确定事项的发生或不发生予以证实；或过去的交易或事项形成的现时义务。作为受让方，如果标的股权办理工商变更登记后，公司出现预料之外的债务对受让方无异于当头一击，如果没有事先防范，必然会进退两难。
其他股东收到通知后，对股权转让行为提出正当异议且在处理过程中的，股东优先购买权仍然存在。
“显名股东”与“ 隐名股东”通过协议产生合同关系。隐名股东不是名义上的股东，但其属于公司法意义上的“实际控制人”，不具有股东资格，但“显名股东”受其支配和控制，从而对公司的生产经营产生影响。因此，“隐名股东”不得以自己名义转让“显名股东”的股权，否则其转让股权行为无效。同时，如果“显名股东”违背了与“隐名股东”的协议擅自转让股权，因公司章程中股东登记的公示作用，仍产生股权转让的法律效果，不得对抗善意第三人。
公司为股东就股权转让行为提供担保未经股东会决议。公司对内提供担保受《公司法》及公司章程的约束。《公司法》第16条规定，“公司章程对投资或者担保的总额及单项投资或者担保的数额由限额规定的，不得超过规定的限额。公司为公司股东或实际控制人提供担保的，必须经股东会或者股东大会决议。前款规定的股东或者受前款规定的实际控制人支配的股东，不得参加前款规定的事项的表决”。故在股权转让担保设置中，双方均负有义务审查公司担保的程序以及内容的限制。
这里的不规范包括但不限于对股权转让的相关事宜未做约定或虽有约定，但表述存在歧义或约定不明确，或不区分公司和股东，将目标公司列为股权的转让方或受让方，引发履行标准、股权转让合意达成与否及股权转让协议是否有效的争议。
标的股权存在瑕疵，包括但不限于标的股权转让时已经被质押或转让方未履行或未完全履行出资义务。根据《中华人民共和国民法典》第443条第二款规定，基金份额、股权出质后，不得转让，但是出质人与质权人协商同意的除外。转让方未经质权人同意转让已设立质权的股权，容易引发质权人以股权转让侵害其质权为由主张股权转让无效的诉讼，且质押登记未注销时股权变更存在实质性障碍。转让方未履行或未完全履行出资义务，如果在签订股权转让协议时转让方未披露，在协议履行过程被受让方发现的，不排除受让方会以此为由要求解除或撤销股权转让合同或要求减少股权转让款，如果出资期限已届满转让方未履行完出资义务即转让股权的，根据公司法司法解释三第十八条规定，股东需对公司债务在其未出资范围内承担连带责任，如果受让人对此明知的，也需承担连带责任，除非当事人另有约定。